Der Marchtaler Plan ist ein reformpädagogisches Konzept, das speziell für katholische Schulen entwickelt wurde. Ziel ist die Gestaltung des Unterrichts mit verschiedenen Elementen. Dazu gehören neben dem "normalen" Fachunterricht die Freie Stillarbeit (FSA) und der Vernetzte Unterricht (VU). Letzterer wird jedoch an der MRS St. Anna nicht praktiziert. Ein weiteres zentrales Element ist der Morgenkreis.
Inhaltliche Grundlage bleibt der Lehrplan, wobei neben der Vermittlung von Bildung und Wissen der Mensch in die Mitte rücken soll. Er soll zu einem personalen und sozialen, aber auch religiösen Menschen erzogen werden.